Weapon X (Program)
Aliassen: Project X, Chi Protocols

Het Weapon X Program is een supergeheim programma, dat oorspronkelijk gerund werd door de Amerikaanse en Canadese regeringen. Het Weapon X Program was verantwoordelijk voor het geven van Wolverine’s Adamantium skelet en had connecties met Team X, een team bestaande uit Maverick, Wolverine, Kestrel, Sabretooth, Silver Fox en Mastodon. Het programma had ook chips ontworpen die geïmplanteerd werden bij hun proefpersonen. Deze chips bevatte valse herinneringen en werden opgezet als slaapunits totdat de personen nodig waren voor de regering.
Tevens creëerde Weapon X een robot, genaamd Shiva, die werd gebruikt, als ooit één van de proefpersonen de waarheid zou komen te weten of zou doordraaien, om hem/haar te doden. De geïmplanteerde herinneringen van Logans verleden zijn één grote mysterie. Ook de huurling Deadpool is in aanraking geweest met Weapon X.

Enige tijd geleden werd het Weapon X Program weer nieuw leven ingeblazen. Dit keer werd het geleid door een persoon die alleen bekend stond als de Director. Wolverine kwam weer terecht bij Weapon X nadat hij meegenomen was door agent Brent Jackson, die in SHIELD geïnfiltreerd was.
De Director was ooit een bewaker van het Weapon X-complex, waar hij ernstig verwond werd door Wolverine, toen die voor het eerst ontsnapte uit het complex. Nadat hij uit het ziekenhuis ontslagen was stortte hij zich volledig op de herstart van het Weapon X Program.
Toen de Director in het oude Weapon X-complex nog oude bestanden vond van het programma waarmee Logans hersenen gecontroleerd konden worden, gebruikte hij dit om Wolverine, zonder dat die het zelf wist, een aantal moorden te laten plegen. Tevens probeerde het vernieuwde Weapon X Program andere oude leden, zoals Sabretooth en John Wraith, weer bij elkaar te krijgen.
Na de ontmoeting tussen de Director en Wolverine, wilde de Director nieuwe implantaten inbrengen bij Wolverine. Gelukkig werd Wolverine gered door mysterieuze Shiver Man, die door SHIELD-agent Nick Fury gestuurd was om hem te redden. De Director en Agent Jackson konden echter ontsnappen.

Vervolgens creëerde de Director een superteam van mutanten. Mutanten zoals Mesmero en Washout werden vrijwillig lid, terwijl andere leden zoals Aurora en Madison Jeffries zodanig gemanipuleerd werden dat ook zij uiteindelijk aan de kant van de Director stonden. De Director liet zijn team vervolgens vele mutanten ontvoeren en plaatste die in een concentratiekamp genaamd Neverland. In het concentratiekamp werden de mutanten in twee groepen verdeeld, waarvan de ene groep werd geëxecuteerd. De andere groep mutanten is nog steeds gevangen en wordt (gedwongen of vrijwillig) opgeleid tot nieuwe Weapon X-agenten.
Echter, Charles Windsor, één van de stafleden, zag regelmatig kans om stiekem een aantal mutanten te kunnen bevrijden uit Neverland. (Later bleek Windsor niemand minder dan Mister Sinister te zijn. In werkelijkheid nam hij de ontsnapte gevangenen mee naar een geheime basis waar hij experimenten op hen uitvoerden.)
Tevens bereidde de X-Man Cable zich voor op een confrontatie met Weapon X. Hij richtte de Underground op en kreeg tevens hulp uit een onverwachte hoek: namelijk van Weapon X-agent Brent Jackson! Hij en een paar andere Weapon X-agenten vielen samen met de Underground het Weapon X-complex aan. Cable confronteerde ook zijn voormalige kameraad Kane (die, nu hij weer als agent voor Weapon X werkte, meer machine dan mens was geworden). Kane hielp uiteindelijk de Underground door de Boxbots te verslaan, maar moest het hierbij wel met zijn leven bekopen.

Brent Jackson keerde zich uiteindelijk tegen de Underground en de Weapon X-agenten door iedereen door middel van een telepathische stoorzender een elektrische schok toe te dienen, dat hun geesten aantastten. (Hierdoor werd er met de herinneringen van Cable en zijn Underground over Weapon X geknoeid, waardoor ze vervolgens geloofden dat er geen Neverland bestond en dat Weapon X niet op mutanten experimenteerden.)
De Director kon ondertussen met behulp van Aurora en Madison Jeffries ontsnappen en vervolgens werd Jackson de nieuwe leider van het Weapon X Program.
Momenteel hebben de X-Men de X-Man Chamber in Weapon X laten infiltreren om zo van binnenuit de geheimen van het Program te proberen ontdekken. Eveneens zijn Wolverine en Fantomex op de zoek naar de waarheid achter Weapon X. Het blijkt namelijk dat het Weapon X Program ooit een onderafdeling was geweest van het mysterieuze Weapon Plus Program.

Leiders:

Agenten/Leden:

Stafleden:

Gevangenen: Ape*, Siena Blaze*, Bulwark*, Diamond Lil, Leech, Maggott*, Omerta*, Persuasion, Random, Reaper, Cecilia Reyes, Tar Baby*, Mr. Taylor(*), Mrs. Taylor, Billie Taylor, Wendy Taylor, Wildside
 

- het Weapon X Program moet niet verward worden met Wolverine alias Weapon X (I), Kane alias Weapon X (II). de door Dr. Horatio Huxley bekrachtigde Weapon X (III), Zona-Cluster 6 alias Weapon XII, Fantomex alias Weapon XIII, Stepford Cuckoos alias Weapon XIV, Ultimaton alias Weapon XV, Allgod alias Weapon XVI, een alternatieve versie van Mimic genaamd Weapon (Earth-90214), Guy Desjardins alias Weapon X van Earth-199406 of het realiteitspringende team genaamd Weapon X
- Ajax (II) moet niet verward worden met Ajax (I) van het Pantheon of de broer van Achilles genaamd Ajax (III)
- Bulwark (II) moet niet verward worden met een vijand van de Avengers genaamd Bulwark (I) of een mutant genaamd Bulwark in een alternatieve toekomstige tijdlijn
- Mastodon moet niet verward worden met Mastodon (Dave Landers) van Earth-148611 (New Universe) of Mastodon (Timothy Halloran) van Earth-93060 (Ultraverse)
- Native alias Feral (II) moet niet verward worden met de X-Force-lid Feral (I), Feral van Xavier's Security Enforcers (Earth-1191) of Feral van Earth-5555
- de Professor moet niet verward worden met Prosh alias Professor, een bondgenoot van Mr. Kline genaamd de Professor, een vijand van Siegfried Mauller genaamd de Professor, een alias/persoonlijkheid van de Hulk genaamd de Professor of Professor van de Circus of Crime
- Psi-Borg (II) moet niet verward worden met de SHIELD-agent genaamd Psi-Borg (I) die tevens een agent van Hydra was
- Shiva (III) moet niet verward worden met Shiva (I) van het Nest, de Hindu godin Shiva (II) of Shiva Blue van Earth-928
- Silver Fox (II) moet niet verward worden met Bayan alias Silver Fox (II)
- John Wraith alias Wraith (II) / Kestrel (I) moet niet verward worden met de overleden Brian DeWolff alias Wraith (I), Hector Rendoza alias Wraith (III) of Zak-Del alias Wraith (IV), Kestrel (II) van de Gene Dogs of Kestrel (II) van de North Institute

* : overleden
(*): waarschijnlijk overleden