Mutant Underground

Waar andere X-teams dagelijks in het openbaar opereren, is er één groep waarvan zowel verleden als werkwijze gehuld zijn in mysterie: de Mutant Underground, in het leven geroepen door Professor X, is een geheime ondergrondse beweging van zowel mensen als mutanten. De leden van de Mutant Underground opereren individueel en krijgen, vermoedelijk, missies toebedeeld door Xavier.
Hun rooster is grotendeels onduidelijk. Van sommige personen zoals Renee Majcomb en Yukio is bekend dat zij voor de Mutant Underground werken of hebben gewerkt. Over andere personen zijn slechts vermoedens dat zij voor Xaviers ondergrondse werken of hebben gewerkt. Wel is bekend dat de Mutant Underground net als andere X-teams strijdt voor een wereld waarin mens en mutant in harmonie kunnen leven.

Op een onbekend moment nam Xavier de mutanten Prudence en Shortpack aan als geheim agenten. Prudence leek op een bepaald moment echter vermoord te zijn door een mutant genaamd Steinbeck.
Na de schijnbare dood van Prudence nam Professor X, opvallend genoeg, de crimineel Mystique aan als geheim agent. Mystique werd voor missies over de hele wereld uitgezonden waarvan Xavier van mening was dat alléén Mystique deze missie kon voltooien. Ze werd daarin ondersteund door Shortpack. Onvoorspelbaar als Mystique was, bleef het steeds de vraag of zij niet een dubbele agenda (voor persoonlijke doeleinden) hierop na hield. 

Mystique werd echter op een gegeven moment geconfronteerd met twee mysterieuze figuren, Shepard en de Quiet Man. Ze hadden Shortpack gevangengenomen en chanteerde Mystique daarmee. Ze moest Xavier vermoorden,anders zouden zij Shortpack vermoorden. Uiteindelijk ging Mystique op hun verzoek in, maar haar poging om Xavier te vermoorden mislukte en Quiet Man en Shepard besloten dat Mystique nu ook dood moest. Echter, met behulp van Fantomex kon Mystique haar partner Shortpack bevrijden en de identiteit van de Quiet Man werd bekend: het was Prudence die haar gaven had gebruikt om bezit te nemen van het lichaam van haar ‘moordenaar’ Steinbeck. Prudence gaf Xavier de schuld van haar ‘dood’ en was sindsdien op wraak op Xavier uitgeweest.
Nadat Shortpack bevrijd was, lukten het Mystique en Fantomex om Prudence en Shepard te verslaan. Hierna beëindigde Mystique haar functie als agent voor Xavier en ging ze er vandoor.

Oprichter en leider:

Leden:

Bondgenoten: X-Men

- De Mutant Underground (I) moet niet verward worden met Cable's Underground alias Mutant Underground (II), de Mutant Underground of Singapore of de Underground Mutant Safe-System

* : overleden

Mutant Underground Support Engine (MUSE)

De ondergronds organisatie genaamd Mutant Underground Support Engine was een netwerk van individuen die probeerden om mutanten te beschermen tegen de stijgende mutantenhaat in Amerika. MUSE redde mutanten uit crisissituaties en bracht hen onder in een boerderij in Montana. Zo werd ook Jesse Bedlam gered door MUSE, toen diens mutante gaven zich manifesteerden en Bedlam's dokter ze probeerde uit te buiten. Bekende leden van MUSE waren de astronaut Lucas Wyndham, neuroloog Derek Parsons en voormalig Naval officier Nicole Lomenzo. MUSE haalde haar informatie uit iedere beschikbare bron (nieuwslijnen, internetberichten, medische artikels, etc.), maar had ook geheime connecties met mensen binnen de regering.
MUSE leidde Jesse Bedlam op tot een veldagent, maar omdat Jesse wanhopig op zoek was naar zijn broer (King Bedlam), verliet hij op een gegeven moment de organisatie. Wyndham, Parsons en Lomenzo achtervolgden hem, omdat Bedlam zonder toestemming hun database had gebruikt om in het computersysteem van SHIELD in te breken en hierdoor riskeerde dat MUSE ontdekt zou worden. Via de database kwam Bedlam op het spoor van de mutant Domino en kwam hij uiteindelijk bij haar en X-Force terecht. Ondanks de poging van MUSE om Bedlam terug te halen, bleef Bedlam bij X-Force om zijn broer te vinden, ook al meende MUSE dat Jesse geen broer zou hebben.
Sindsdien is er niets meer vernomen van de Mutant Underground Support Engine.

Leden:

- De Mutant Underground Support Engine moet niet verward worden met de Mutant Underground Support Engine 2099 van Earth-928

* : overleden