Xavier Institute for Higher Learning / Xavier's School for Gifted Youngsters
Het begon allemaal in Xaviers huis (Xavier Mansion alias X-Mansion), liggend aan 1407 Graymalkin Lane, net buiten Salem Centre, te Westchester Country in New York. Het huis had drie vleugels, inclusief mannen- en vrouwenslaapkamers, Xaviers kantoor, een bibliotheek, klaslokalen en recreatieruimtes. Een waterplas en een basketbalplein bevonden zich achter het huis. De kelderverdiepingen waren helemaal uniek: daar was een tweede reeks slaapkamers en woonkamers, net als de War Room en de Danger Room. Het huis was omgeven door een groot stuk land.
Ook was het huis voorzien van beveiligingssystemen, die meestal bestonden uit Shi’ar technologie, inclusief de War Room en de Danger Room. Dankzij de relatie van Xavier met de Shi’ar Majestrix Lilandra, zijn de X-Men van veel Shi’ar-apparatuur voorzien. Het huis is meerdere malen vernietigd, maar het is altijd herbouwd, omdat het erg belangrijk wasvoor de X-Men: het was namelijk hun thuis.
Professor X richtte ook hier zijn Xavier's School for Gifted Youngsters op. De school was een plaats waar jonge mutanten hun mutante gaven onder controle leren te krijgen en hoe ze te gebruiken. Het was in werkelijkheid ook de basis van de X-Men en de New Mutants. Later bevond Xaviers School zich op de Massachusetts Adacemy, wat de basis van Generation X werd, totdat de naam Xaviers School werd opgeheven, omdat de Academy ook toegangbaar werd voor gewone studenten.
De naam van de school die zich later vestigde in Xaviers huis, was het Xavier Institute for Higher Learning. Dit instituut was in eerste instantie meer een onderzoekscentrum dan een trainingscentrum, vooral toen de Massachusetts Academy de nieuwe plek voor Xavier's School werd. Terwijl de School er was voor het leren van jonge mutanten om hen te leren omgaan met hun gaven, had Xavier het Institute niet alleen opgericht om zijn studenten les te geven, maar ook om ván hen te leren. Jaren later werd de Massachusetts Academy gesloten.
Nadat Xavier via de tv er voor uitkwam dat hij een mutant was, werd de school opengesteld voor de nieuwe generatie mutanten. Deze mutanten werd geleerd met hun mutante krachten en met de alles behalve veilige buitenwereld om te gaan (zie: Xavier Institute student body). Door de komst van deze groep nieuwe mutanten fungeerde het Xavier Institute nu ook als school en trainingscentrum. Veel X-Men fungeerden als docent en/of mentor. Professor X bood tevens Alpha Flight lid Northstar en de voormalige New Mutants Mirage en Karma een baan als docent en mentor aan op het Xavier Institute.
Echter, op M-Day verloor wereldwijd meer dan 90% van de mutante bevolking hun superkrachten Deze ramp trof ook het Xavier Institute: alle ex-mutante studenten werden door Cyclops en Emma Frost naar huis gestuurd. Het instituut werd nu opengesteld als toevluchtsoord voor alle overgebleven mutanten (zie: de 198). Tevens werd het instituut 24 uur per dag door de Sentinel Squad O*N*E (door mensen bestuurde Sentinels) bewaakt.
Later werd in de strijd om de eerste sinds M-Day nieuw geboren mutant het instituut verwoest. Na de kennelijke dood van Professor X, ontbond Cyclops in eerste instantie de X-Men, om vervolgens in San Francisco een nieuw hoofdkwartier en toevluchtsoord voor de X-Men en andere mutanten te openen (zie: Utopia).

Xavier Shelter for Indigent Children (2099)
In het jaar 2099 (Earth-928) is er een weeshuis voor mutantenkinderen opgericht, namelijk Xavier Shelter for Indigent Children. Dit weeshuis was de thuisbasis van X-Nation.

X-Babies
Jaren geleden toen de X-Men op een dag aan te oefenen waren in de Danger Room, keek het interdimensionale wezen genaamd Mojo stiekem door Psylocke’s ogen mee (toentertijd had Mojo Psylocke, omdat ze blind was, nieuwe ogen gegeven, maar die diende tevens als camera’s). Vervolgens teleporteerde Mojo zijn slaaf Longshot naar de Danger Room. Toen Longshot de Danger Room binnenviel, kwam er tevens een vreemde plakkerige vloeistof mee. Terwijl de X-Men zich over de bewusteloze Longshot ontfermden, verdween langzaam het plakkerige spul. 
De X-Men wisten echter niet dat dit spul hen zowel lichamelijk als psychisch zou verjongen tot kinderen. De volgende dag waren de X-Men inderdaad zo jong als kinderen en tevens erg eigenwijs. De X-Men gingen ervan door, maar de New Mutants volgden hen. 
Uiteindelijk kwamen de X-Men terecht bij Mojo en toen de New Mutants uiteindelijk de X-Men terugvonden, bleken de X-Men totaal onder de invloed te zijn van Mojo. De X-Men vielen vervolgens de New Mutants aan. Gelukkig konden de New Mutants hen uiteindelijk bevrijden van Mojo’s invloed en langzamerhand veranderden de X-Men weer terug in volwassenen.
Hoewel Mojo verloren had, bleek zijn publiek op Mojoworld erg enthousiast te zijn over het optreden van de X-kids. Mojo kwam hierdoor blijkbaar op een nieuw idee en tijden later had hij zijn eigen X-Men gecreëerd, maar dan wel als baby's: de X-Babies!
De X-Babies zijn qua uiterlijk en gaven een exacte kopie van de echte X-Men, maar voor de rest zijn ze een stel ondeugende en onhandige kleuters. Door hun eigenwijze gedrag hebben ze zichzelf regelmatig in de nesten gewerkt. De X-Babies kwamen meer dan eens in contact met de echte X-Men (of één van de andere X-teams, zoals Excalibur). Door hun kinderlijke en onhandige gedrag maakten de X-Babies er altijd een zooitje van.
Op Mojoworld waren de X-Babies eerst onder de hoede gekomen van de stuntvrouw Ricochet Rita (de vrouw die later Spiral zou worden), maar later bleek dat de X-Babies zonder oppas zaten. Echter toen Longshot de nieuwe leider van Mojoworld werd, besloten zijn vrouw Dazzler en hij om zich over de X-Babies te ontfermden.
Momenteel schijnt het een zooitje te zijn in de Mojoverse, omdat daar een X-Babie-parodie op de Age of Apocalypse is uitgebroken. Mojo is totaal de regie kwijt over de Babies, want de babyversie van Apocalypse heeft samen met zijn volgelingen de leiding over Mojoworld genomen. Dazzler heeft zelfs Mojoworld moeten verlaten en ze weet niet eens zeker of haar man Longshot nog leeft.
Welk lot de X-Babies te wachten staat is onbekend, evenals of de rust ooit nog zal wederkeren in de Mojoverse.

Nota: De X-Babies veranderen nog wel eens van (code)naam. De ene keer gebruiken ze gewoon de namen van hun originelen, de andere keer luisteren ze weer naar meer passende kindernamen.

X-Factor gen
Het gen waarvan geloofd wordt dat het bron van genetische mutatie is. Dragers van het gen worden mutanten genoemd.